路線番号毎ではなく、独自の調査計測区間を設定しています。このような状況でも登録できますか。

登録可能です。

地方公共団体用舗装データベース上の区間情報は、翌年度以降にデータ更新される方がリストから区間を特定することができれば、どのような記述でも結構です。

計測区間ごとにID番号が振られていれば、それを路線枝番の項に記載ください。路線番号はすべて"0"とすることで、計測区間IDは路線番号ではないことがわかると思います。なお、路線番号の空欄は認められません。