2年工期の場合、単年度毎に登録・登録料が発生するのですか？

発生しません。 

登録費用は工事契約あたり1件ですので、複数年度にわたる工事の場合でも、登録料の支払いは完了した年度のみとなります。 

契約期間中に複数回登録いただくことが可能ですので、まとまった工事（単年度毎など）を登録いただくことで、登録漏れを防ぐことが可能です。

＜工事別の年度末報告方法＞

・舗装点検業務：年度末時点でDB登録完了した数量を報告

・舗装工事：年度末時点で工事を受託した最上層の舗設が完了していない場合、DBには登録せず数量0で完了報告

・詳細調査、FWD調査、舗装設計：年度末時点で受託した調査設計が全て完了していない場合、DBへの登録状況にかかわらず数量0で完了報告